Semenjak pendiriannya, LEMSA telah melaksanakan beberapa program. Diantaranya adalah sebagai berikut :
1. Program Desa Mandiri.
Program ini merupakan inisiatif bersama yang dibangun oleh LEMSA bersama dengan Pemerintah Daerah (Pemda) Kabupaten Pangkep.
Besarnya potensi sumberdaya alam yang dimiliki diatas bertolak belakang dengan kondisi obyekif Kabupaten Pangkep saat ini, dimana angka kemiskinan relatif tinggi mencapai 19,28%, angka IPM yang tergolong rendah (69,43), serta ditetapkannya Kabupaten Pangkep oleh Kementerian Negera Pembagunan Daerah Tertinggal (KPDT) sebagai daerah tertinggal di Indonesia. Dibutuhkan langkah nyata agar Kabupaten Pangkep bisa keluar dari predikat tertinggal, kemiskinan dan rendahnya nilai IPM.
Program yang mengedepankan pembangunan yang terpadu, keberlanjutan, pemberdayaan dan kemandirian dianggap paling tepat untuk mengejar ketertinggalan satu desa/kelurahan melalui optimalisasi pengembangan sumberdaya lokal.
Kegiatan-kegiatan yang dilakukan melalui PDM ini adalah :
- Peningkatan kapasitas pemerintah kabupaten dan desa
- Identifikasi partisipatif komoditas unggulan desa
- Penyusunan Panduan Pelaksanaan PDM
- Pertemuan reguler sinkronisasi implementasi kebijakan pembangunan di Kabupaten Pangkep
- Pendampingan Kelembagaan Desa
2. Restoring Coastal Livelihood (RCL)
Pada tahun 2010 hingga 2012, Lemsa bersama Oxfam melakukan kemitraan untuk menjalankan Program RCL di dua kabupaten di Sulawesi Selatan, yakni Kabupaten Barru dan Kabupaten Pangkep.
Program yang didanai oleh Canada International Development Agency (CIDA) ini bertujuan untuk meningkatkan kedayatahanan komunitas rentan melalui pemanfaatan berkelanjutan terhadap sumber daya alam.
Bentuk-bentuk kegiatan yang dilakukan antara lain pelatihan, workshop, dan pendampingan teknis.
isu-isu yang didorong melalui program ini adalah peningkatan kapasitas komunitas rentan baik laki-laki maupun perempuan untuk melakukan advokasi dan pemanfaatan sumber daya pesisr berkelanjutan, peningkatan kapasitas pemerintah desa dan kabupaten, fasilitasi penyusunan dokumen perencanaan desa yang partisipatif, dan fasilitasi penyusunan dokumen peraturan desa.
3. Spermonde Empowerment Programs Community Based Mariculture Project Langkai and Lanyukang Island
Program ini dilaksanakan pada tahun 2000-2001 oleh Lemsa dengan dukungan pendanaan dari Canada Fund sebesar Rp. 189.000.000
4. Program Pemberdayaan Masyarakat dan Lingkungan, Konsorsium Pemerhati Kapoposang.
Program ini dilaksanakan Lemsa pada tahun 2002-2003 dengan dukungan pendanaan dari UNDP melalui hibah Grant Environmental Facility (GEF) sebesar Rp. 330.740.000
5. Riset, Survey dan Pelatihan Konservasi Terumbu Karang Berbasis Masyarakat
- Pelatihan TOT Konservasi Laut Bagi Guru SD/SMP se-Makassar. Program ini adalah kerjasama antara Lemsa dengan World Wild Foundation (WWF) pada tahun 1999.
- Survey Investigasi Ekploitasi Penyu di Pulau-pulau Kota Makassar. Kegiatan ini merupakan kerjasama antara Lemsa dengan World Wild Foundation (WWF) pada tahun 1999.
- Program Maintenance Mouring Buoy di Daerah Perlindungan Laut (DPL) Pulau Barrang Lompo, Pulau Bone Tambung dan Pulau Barrang Caddi. Program ini dilaksanakan pada tahun 2007 dengan dukungan pendanaan dari padiaware Foundation dari Australia.
- Program Analisis Sumberdaya Desa dengan Metode PRA. kegiatan ini dilaksanakan oleh Lemsa dengan bermitra dengan Program Implementing Unit (PIU) Coremap II Kabupaten Pangkep pada tahun 2005.
6. Pendampingan Nelayan dan Pembudidaya
- Program pemberdayaan kelompok nelayan melalui matapencaharian alternatif dengan metode rumponisasi di pulau Langkai Kota Makassar. Program ini dilaksanakan pada tahun 2002 oleh Lemsa bekerjasama dengan Forum Kemitraan Bahari (Sea Grant Program).
- Program Peningkatan Income Masyarakat Melalui Optimalisasi Pasca Panen Rumput Laut Kabupaten Je’neponto. Program ini dilaksanakan pada tahun 2002 oleh Lemsa bekerjasama dengan Forum Kemitraan Bahari (Sea Grant Program).